В начале 2005 после победы Виктора Ющенко на президентских выборах руководство СБУ было сменено. Главой Службы безопасности Украины был назначен депутат Александр Турчинов (БЮТ), считающийся «правой рукой» Юлии Тимошенко по партии «Батькивщина». В рамках общего реформирования аппарата управления страной перед ним была поставлена задача реформировать СБУ, создав на её базе две структуры с одним подчинением — национальную разведку и национальное бюро расследований. В ведение национального бюро расследований планировалось передать контрразведку и все вопросы, затрагивающие государственную безопасность.
В сентябре 2005 в связи с отставкой Юлии Тимошенко с поста премьер-министра Украины Турчинов также ушёл со своего поста. СБУ с сентября 2005 по декабрь 2006 возглавлял Игорь Дрижчаный.
3 октября 2005 заместителем председателя СБУ был назначен Анатолий Мудров, до этого являвшийся начальником главного управления организационного и правового обеспечения Генпрокуратуры, а также входивший в состав рабочей группы по разработке концепции создания и организации деятельности Национального бюро расследований Украины, созданной указом президента 18 марта 2005 года.
В ноябре 2005 года президент Ющенко подписал указ о реформировании структуры СБУ с целью повышения её эффективности.
29 мая 2006 первым заместителем председателя СБУ был назначен кадровый дипломат Валентин Наливайченко, до этого занимавший пост посла Украины в Белоруссии. Предполагалось, что назначение на руководящую должность в СБУ дипломата, хорошо известного за рубежом, станет дополнительным стимулом для интеграции Украины в евроатлантические структуры. Наливайченко курирует в СБУ информационно-аналитическое направление.
26 июля 2006 Виктор Ющенко подписал указы об увольнении заместителей председателя СБУ Владимира Пшеничного и Владислава Коршунова. В пресс-службе СБУ объясняют, что это решение связано с «реформированием Службы безопасности» и «оптимизацией общей структуры ведомства».
Владислав Коршунов курировал работу Департамента специальных телекоммуникационных систем и защиты информации Службы безопасности. Информация о характере работы Пшеничного не раскрывается.
После этих увольнений у руководителя СБУ остался первый заместитель и четыре заместителя по основным направлениям деятельности ведомства — контрразведке, борьбе с коррупцией и организованной преступностью, защите национальной государственности и информационно-аналитической работе.
С 1 августа 2006 также сокращены 26 должностей на уровне заместителей региональных управлений — прежде всего, в областях с избыточным количеством заместителей. Теперь, в зависимости от категории области, их может быть от двух до четырёх.
В середине ноября 2006 в СБУ была введена дополнительная должность «заместитель председателя СБУ — начальник управления СБУ в Донецкой области», на которую был назначен бывший начальник главного управления разведки Министерства обороны, заместитель главы МЧС в 1992—1997, генерал-лейтенант Александр Скипальский, сменивший начальника управления СБУ в Донецкой области Александра Петрулевича.
20 ноября 2006 Виктор Ющенко подписал указ #986/2006, запрещающий гражданским лицам занимать должности заместителей председателя СБУ. На эти должности могут назначаться только военнослужащие. Таким образом президент изменил курс на «демилитаризацию и декагэбизацию» СБУ, объявленный в декабре 2005 года, когда Виктор Ющенко своим указом постановил, что высшие руководящие должности в системе органов СБУ «могут быть заняты как военнослужащими, так и гражданскими лицами». Позднее он неоднократно заявлял о необходимости «усилить гражданский контроль за действиями силовых структур».
В декабре 2006 президент Украины Виктор Ющенко отправил в отставку самого руководителя СБУ Игоря Дрижчаного
Структура СБ Украины
1. Центральный аппарат
- Аппарат Председателя Службы безопасности Украины
- Департамент информационно-аналитического обеспечения (ДІАЗ-укр.)
- Департамент контрразведки (ДКР)
- Департамент контрразведывательной защиты интересов государства в сфере информационной безопасности
- Департамент контрразведывательной защиты экономики государства (ДКЗЕД-укр.)
- Департамент защиты национальной государственности (ДЗНД-укр.)
- Департамент оперативно-технических мероприятий (ДОТЗ-укр.)
- Департамент оперативного документирования (ДОД)
- Департамент охраны государственной тайны и лицензирования (ДОДТЛ-укр.)
- Департамент хозяйственного обеспечения (ДГЗ-укр.)
- Главное управление по борьбе с коррупцией и организованной преступностью (ГУ «К», ГУБКОЗ-укр.) (на правах департамента)
- Главное следственное управление (ГСУ)
- Центр специальных операций борьбы с терроризмом, защиты участников уголовного судопроизводства и работников правоохранительных органов (ЦСО «А») (на правах департамента)
- Управление внутренней безопасности (УВБ)
- Главная инспекция
- Управление обеспечения специального оперативного учета (УЗСОО-укр.)
- Управление работы с личным составом (УРОС-укр.)
- Управление правового обеспечения (УПЗ-укр.)
- Управление специальной связи (УСЗ-укр.)
- Военно-медицинское управление (ВМУ)
- Служба мобилизации и территориальной обороны (СМТО)
- Финансово-экономическое управление (ФЕУ-укр.)
- Управление режима, документального обеспечения и контроля (УРДЗК-укр.)
- Контрольно-ревизионная инспекция (КРІ - укр.)
- Отдел обеспечения досудебного следствия (ВЗДС-укр.) - изолятор временного содержания при Центральном управлении СБУ (Киев); сектор Отдела в Одесской обл. - изолятор временного содержания при УСБУ в Одесской обл; сектор Отдела в Донецкой обл. - изолятор временного содержания при УСБУ в Донецкой обл.
